Не буду спорить, знаю только, что очень многие люди на TTLG удивлялись и расстраивались, когда внесенные ими в gamesys изменения никак не отражались на уже размещенных в миссии объектах. Возможно, разные свойства по-разному реагируют на эти изменения. Возможно, с AI вообще все в корне по-другому. Насчет патчей не в курсе.
Могу только сказать насчет голосов. По умолчанию стражникам задан один и тот же generic-голос, которого даже нет в звуковых схемах. И конкретный голос каждому конкретному стражнику - уже не класс, а конкретный голос с конкретным именем из схем - назначается в момент старта миссии, причем случайно. Не исключено, что так же или похоже могут работать и некоторые другие их свойства.
А логика работы с gamesys без mis понятна и, вероятно, верна. Есть только нюанс: в gamesys зачем-то пишется часть содержимого mis-файла, к которому первая подключена. Стоит сменить mis для того же gamesys - и содержание последнего меняется при сохранении, это хорошо заметно по изменению объема. Причем эти данные, похоже, являются обычным балластом - не похоже, чтобы они где-то использовались.