Чтобы посмотреть в редакторе чужую миссию, лучше действовать так:
1. Установить миссию. При этом в корневой папке doom3 создается папка с названием миссии. Например, doom/flakebridge
2. Зайти в эту папку и распаковать pk4-архив в эту же папку.
3. Можно заходить в DR и открывать миссию из папки doom/flakebridge/maps.
4. Если в миссии есть кастомный контент (что на самом деле бывает довольно редко), то для его нормального отображения нужно зайти в File - Select Game и в fs_game указать название папки миссии, а в fs_game_base - darkmod (при возврате к своей миссии не забыть вернуть все обратно).
Папку с даркмодом действительно лучше не засорять.
Вместо них ярко синие стандартные и красные в кубик.
Синие - Shader not found. В случае с чужой миссией это, скорее всего, кастомный контент.
А вот красный и другие цвета - это служебные текстуры редактора. На них обычно есть надписи, что они означают.