Возможно через какую-то тулзу и можно поменяться свойства окон (убрать "поверх всех окон").
Например, как-то у меня была Sign of Misery, с помощью которой я у DrWeb делал окно с требованием ввести ключ немодальным, в результате антивирусом можно было пользоваться без ключа.
Поищи что-то типа утилиты для изменения свойств окон.
Можно и самому тулзу написать.
Попробуй запустить игру в окне и свернуть окно.