Ну в Соборе там и зомби, и хаунты, а причина и обстоятельства были одни.
Все становятся сначала зомби, а потом хаунтами. Плоть, скованная судорогами, замедляет движения, а когда она полностью разрушается, скелетик начинает бодренько бегать. Но с учетом того, что все хаунты одеты в хаммеритские одежды, очевидно, ими становятся только хаммериты, значит, дело в религиозности. Все люди становятся зомби (или духами в редких случаях), а простые хаммериты - хаунтами. С учетом того, что хаунты опаснее зомби, они такие сильные благодаря вере в Строителя при жизни, а после смерти действуют как заведенные, то есть неосознанно, в отличие от духов.
В Соборе было много зомби, потому что там было много послушников, занимающихся больше онанизмом, а не чтением догм Строителя. Эти братья не успели в достаточной мере закалить силу воли, поэтому просто сгнили.
Духами становятся особо одаренные, так как при жизни эти люди занимались изучением более глубинных вещей (нежели, например, бессмысленным катанием по Европе с последующим выкладыванием фоток), поэтому смогли продолжить существование после смерти в своих эфирных/астральных оболочках. Эти оболочки есть у всех, но управлять ими нужно учиться - чем и занимались маги/священники.
Что касается погибших язычников, здесь варианты: люди, которые живут в гармонии с природой, также прочищают/заряжают все свои чакры и могут совершать какие-то превращения после сброса физической оболочки; либо это Гарретт будучи Хранителем способен видеть астральные следы умерших.
Черепа - это аркадный элемент, не думаю, что это имеет какой-то эзотерический подтекст.