Я тут "немного" поэкспериментировал на разных версиях игры:
1) TDP1.33/DDFix1.5.5 (древняя сборка, но пока ещё пашет, взял её как образец),
2) ND1.19/TFix1.12 (старая, но вполне себе рабочая сборка),
3) ND1.23/TFix1.12 (та же самая сборка с обновлённым EXE и конфигами, использую её для запуска FM),
4) ND1.22/TFix 1.20a/HDMOD1.0 (HD-мод сборка, но я ей почти не пользуюсь),
5) ND1.25/TFix1.25d (только что установленная эталонная версия без наворотов)
и для полноты картины:
6) Steam (жуткая древность под DDFix1.3.11, зато с DromEd'ом и тонной шелухи, у меня так и не взлетела, пришлось накатывать TFix1.25d) и
7) GOG (странноватый, но работоспособный гибрид оригинала с ND1.25 и dml-ками, от TFix неизвестной версии, где-то между 1.12 и 1.20a).
Выяснилось, что TFix вносит очень много изменений, причём как, в основном, в лучшую так и, иногда, в худшую сторону: ND в чистом виде слишком сильно упростил паркур для первой части игры, а поведение NPC стало зачастую неадекватным, к счастью, TFix реально хорошо исправляет почти все эти проблемы, но зато я обнаружил, что изменения коснулись не только поправленных объектов, пропущенных текстур и маршрутов врагов, но кое-где и базовой архитектуры уровней (например, в тренировочной миссии стало невозможно
сыграть в баскетбол - проход в ту комнату теперь наглухо перекрыт). Тем не менее, я всё-же настоятельно рекомендую TFix к использованию. Если играть "по правилам", NewDark ведёт себя почти в точности (разве что, кроме скорости, но об этом см.ниже) как оригинал, пострадали в основном "нечестные" способы игры, такие как: keyholing, object jump, sword/blackjack levitation и т.д., а также искусственно ограничена возможность залезания на многие объекты (стало чуть хуже, чем в оригинальных TDP/TG, но всё ещё лучше, чем в оригинальном TMA). И ещё одна деталь: не уверен, с чем это связано, но мой почти оригинальный TDP работает в значительно ускоренном темпе, но никакого дискомфорта это не вызывает, даже наоборот запуская после него уже привычный NewDark, начинает казаться что попал в сонное царство, к счастью это ощущение довольно быстро проходит.
Теперь, в свете ранее обсуждаемого:
Сорри все 28 страниц не осилил и может повторюсь, но у меня происходит такой глюк, хотя... может я что-то не так делаю, в миссии с Рамиресом происходит интересная вещь: у одного из стражников, очень завышена "чувствительность" , в какой-то момент, ни с того ни сего, он сломя голову бежит к Рамиресу в подвал и там у него останавливается(типа охранять), хотя по дороге к подвалу меня никто не видит и не слышит, т.к. я играю без оглушений, мне это сильно накидывает проблем, если я меняю маршрут и сразу иду в подвал, то я так понимаю, что npc или далеко и мы с ним, даже не пересекаемся и там всё норм, проход чист и Рамирес тоже
Я привык, к Рамиресу заходить под конец игры, когда обчищу все этажи, а такой вариант не проходит т.к. , когда к нему приходишь, там по любому уже будет охрана, никогда не придавал этому значение, может просто из-за того, что всегда играл с дубинкой)) Или это у меня так? 
Тот охранник должен прибегать
только если поднята тревога, а до тех пор, он просто стоит в комнате охраны, рядом с сигнализацией. Если всё тихо, то к Рамирезу ходит только слуга с подносом. Кроме перечисленных персонажей, ключ к подвалу имеется ещё и у стражника на главном входе, но он оттуда даже по тревоге никуда не уходит. Все остальные попасть к боссу не имеют никакой возможности, пока ты сам им дверь не отопрёшь.
Похоже, у тебя почему-то, не работают исправления из TFix'а, проверь размер и дату создания файла DARK.GAM и наличие Gamesys.dml и кучи missXX.mis.dml файлов. Также можно убедиться в наличии/отсутствии файла TFIX.GAM (только в новых версиях TFix). И ещё, как вариант: возможно ты поставил мод на суперсложность и тот охранник реагирует даже без активной сигнализации? Этого варианта я не проверял, да и не планирую, если честно.
Просто я сам, как раз перепрохожу игру, по возможности, более-менее в стиле призрака, при этом не сохраняясь в процессе миссии (IronMan). Несмотря на то, что в этот раз играю на Normal, но из-за заявленных самоограничений, в данный момент, изрядно подзастрял в гильдии воров, но думаю, с энной попытки всё-же справлюсь.
UPD: Если вдруг, кому это интересно, то играю на сборке под номером 3 (см.выше) и возможно (если осилю до конца), выложу видеозапись "подвига" на ютубе.