И рад бы сказать, почему они так сделали, а не знаю - нет информации. Но могу поделиться своими предположениями:
1) В 2007-м первая игра Crysis буквально потрясла всех качеством своей картинки, поэтому, возможно, The Chinese Room отложили у себя в голове, что неплохо было бы поработать с этим движком, когда будет возможность. Dear Esther - игра атмосферная, но особо красивой её не назовёшь. Возможно, её разработчики решили, что смена движка поможет им делать более красивые игры.
2) Amnesia: A Machine for Pigs (2013) создавалась в сотрудничестве с создателем предыдущей игры серии, Frictional Games, поэтому логично было использовать именно движок последней, HPL. Знакомство с CryEngine пришлось отложить.
3) Выпустив Amnesia: A Machine for Pigs (2013), контора взяла CryEngine 3 и за два года сделала на нём Everybody's Gone to the Rapture (2015). Движок способен выдавать прекрасную картинку, но одной картинки всё же мало, чтобы увлечь массового игрока.
4) Глядя на провал своей предыдущей игры, контора, наверное, решила, что лучше выпустить что-нибудь попроще, полегче и более доступное в плане платформ, в т.ч. мобильных. Очевидно, выбор пал на Unity.
5) Контора маленькая, запросы соответствующие, поэтому, судя по всему, ей и досталась доработка Bloodlines 2, потому что у Paradox (издателя игры) к этому моменту уже наверняка почти кончились все деньги, что он под неё выделил. А поскольку игра уже была на Unreal Engine, переводить её на другой движок смысла уже не было.