Как строить чтобы для всего уровня "небо" было над строениями\зданиями\городком\церквоью и.д.?
Ты меня про это спрашивал где-то с пол года назад. В чем проблема-то? На скриншоте небо не выше 60. По ширине и глубине, например у меня 150х100. Не надо спрашивать почему, просто потому

Большие кисти при обводке area выделятся полностью, даже если под рамку залезет 1 мм, просчет затянется. Есть ограничения на размеры кистей, но мне неинтересно какие, если не хватит места, добавлю еще пару коробок. Стараюсь не вылезать за 200. А по высоте выше 100 вообще редкость.
Эти пустые коробки, в которых будет уровень, нужно подогнать вплотную по сетке. Они могут залезать друг на друга, это не страшно, ну а если они не соприкасаются, сам наешь что будет.
Насчет высоты, все зависит от твоих домов. У меня высота жилой комнаты 12, и 0,5-1 на перекрытия между этажами. Здания не выше 40. Исходя из этого я делаю еще 20 свободного пространства над крышей. Лучше пусть будет больше, чем игрок вдруг утнектся головой в небо. Но не слишком много, просто не к чему.
Раз уж на то пошло: кто-нибудь строил города обратным методом ("классическое" вырезание воздушных брашей из твёрдого тела)? Если да, то поделитесь опытом 
Начинал так делать, всему виной базовая обучалка, там нужно было две комнаты соединить коридором, из этого родился мой город. А потом было много проблем и куча лишних кистей. Но я не поленился и все переделал, как положено, несколько дюжин кистей освободил.
Такой метод годится для уровеней, где отсутствует внешний мир.